ステージクリア式だが、そのステージのクリアの仕方でルートが分岐する。

以下、便宜上番号を振るが、実際にはACT1から順々にカウントされていく。

1------2----3----4
｜ ｜　　　　　 　 ゲットランナー編
｜ ---5----6
｜
---7----8----9
｜ ｜　　　　　　　 PAN計画編
｜ ---10----11----12
｜
--13----14----15----16----17----18
｜ ｜　　　 先史の秘宝編
｜ ---19----20
｜
---21----22----23
｜　　　　海賊の逆襲編
---24----25

26---27---28---29---30　EXルート

各編の2ルートをクリアするとクラッカーランクが上昇し、Dランクでジャンプシューズ、Bランクでバーニアダッシュという移動系サブウェポンを入手。これらはステージ中で分岐条件を満たす時に必要となるので、ランクが低い内は、自動的にルートが決まるという仕組み。

分岐を簡単に説明すると、ゲームスタート時に必ず訪れるステージ1「消えかけた太陽のもとへ」では、後半に時間内に入り口まで戻る時間制限イベントが発生し、脱出に成功するとステージ13に分岐する。失敗した場合、その後のインターミッションでの選択によって2か7に分岐する。ただし初回プレイ時のみ必ず2に分岐するようになっており、4をクリアすると以後選択肢が現れるようになる。この脱出には移動系サブウェポンが必要であり、PAN計画編を2ルートクリアするまでは13には進めない。

ステージ2ではボスに負けると3に、ボスを倒せば5に分岐する。但しボスは合体後にバリアでこちらの攻撃を無効化する。それを解除するには、移動系サブウェポンを使ってステージ中のあるエリアでスイッチを押さなければならない。

ステージ7では、最深部のエリアでイベントアイテムのチップを入手できる。その後のインターミッションでチップを解析するかどうかの選択肢が出現し、解析すれば10へ、解析しない、もしくはチップを入手していない場合は8に分岐する。チップは初回プレイ時からでも入手可能。この分岐を両方クリアしてジャンプシューズを入手しないと他のルートには分岐できないので、まずはPAN計画編をクリアする。

ステージ13では、二カ所のゴールのどちらに着いたかで分岐する。パスワードを入力して進んだ先のドルフがいるゴールからは14へ、バーニアダッシュでのみ移動可能な場所から行けるゴールからは21に分岐する。

ステージ14では、後半に時間内にステージ中の爆弾を回収する時間制限イベントが発生し、全て回収出来れば19に、出来なければ15に分岐する。爆弾は初回プレイ時からでも全て回収できるが、シェリフスターを集めながらでは厳しい。

ステージ21では、ボスを倒せば24へ、倒せなければ22に分岐する。ボスはバリアを張っており、倒すにはこのステージ内で入手できるサイコリフレクターというアクセサリが必要。これは初回プレイ時からでも入手可能。

4つの編をクリアしたデータは自動的にEXルートに突入する。EXルートに分岐は無く、ステージ30をクリアすると、以後は好きなステージを選択してプレイ可能となるので、シェリフスターの回収も出来る。
ちなみにEXルート突入時はセリアよりレベルが低いキャラは全員レベルがセリアと同じになる。EXルートはメンバーがセリア、ベイツ、PAN-G、ドルフで固定であり、これらのキャラはおそらく育っていないので、セリアのレベルを十分に上げ、Lvアップルも使用すると良い。

全体攻略

・難易度が激しくぬるいので無理な経験値稼ぎは必要なし。ただ敵を倒すのにかかる時間が短いと(精神的に)楽なので、主力の一人とボスキラーとしてジャンの武器を買い換えていけばよい。

・防具は主力一人で十分だが、買い換えていけば、レベルが上がるにつれてザコの攻撃を受け付けなくなる。

・サブウェポンはボス戦以外使う必要なし。前衛ジャンプシューズ、二番目ブーストダッシュがオススメ。

・アクセサリは、移動する主力がえんくぅ、他三人EXPバッジが基本。
もっともイベントで最終的に皆レベルがセリアに並ぶので、セリア以外は無理しなくて良い。

・回復アイテムはほとんど使わなくて済むので、購入する必要無し。一応ウェンディにENチップで無限回復。

・普通にやると主力はセリアになると思うが(照準の性能上)、マップスコープがオススメなのでセリアのアクセサリ選択は迷う。レベル調整イベントまでにLvアップルが10個程入手できるので、セリアに使いまくるならえんくぅは諦めてもよい。

・基本的にセーブユニットは先に進むルートにある。

・前作からデータをコンバートすると、いくらかの資金とアクセサリのほね、マップスコープを引き継げる。最初のバスク船ではスコープを使うと上下移動中にマップを把握できて便利。



キャラについて

・セリア
半自動照準なのでボタンを放して再度押せばで次々と敵を切り替えて攻撃していけるため、ザコは彼女一人で十分。
サブと同時射撃で一応対ボスで使える火力になるので、動きが速くてジャンで追えない時は彼女で。
ガンアダプター入手後は火力十分。

・ジャンマイケル
照準がマニュアルで連射不能だが威力は十分過ぎるほどなので、遅くて硬いザコやボス戦でセリアの代わりを努める。
サブと同時射撃でほとんどのボスを瞬殺。
ボスキラーばかりやらせてるとレベルがすさまじく上昇し、武器を買い換えていけば初見のボスも瞬殺可能。

・シーザ
前作と違い扉前いたぶりが近接キャラの特権ではなくなったので出番無し。
序盤はボス戦でサブをボムとして使うくらい。
セリアの攻撃力が低い内は、部屋に入ってドアロックされたときに機動戦法で敵の包囲を解く。

・ウェンディ
戦闘の必要無し。
レベルが上がると回復量が大きくなり、リペアカプセルいらずになる。

・ベイツ
射程が短いが連射性、威力ともに十分なので近接キャラとして運用可能。体が小さいヒットパーク星のトカゲには当てやすい。
サブはホーミングするので動きの速い敵に。

・PAN-G
シーザとほぼ同性能だが、サブでシールドを発動し、ザコに近接して切りまくれる。
EXシナリオはメンバー固定なので、ボス戦ではリカバリキットを装備して近接攻撃という荒技も可。

・マードック
セリアと同じく半自動照準だが、出番も少なく、あまり使用価値は無い。
後半はサブでダークゾーン、ダメージゾーンを楽に進めるので使うとしたらそのくらい。

・ドルフ
セリアと同じ半自動照準。
サブは威力があるが敵が速いと当たらない。
EXシナリオはメンバー固定なので、セリアがマップスコープを着けている場合、彼がガンアダプターで攻撃を担当するのも有り。